Pendidikan Tinggi ‘Aisyiyah diawali dari berdirinya Sekolah Bidan ‘Aisyiyah Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Yogyakarta berdasarkan SK Menkes No 65 tanggal 10 Juli 1963. Kemudian dibuka pula Sekolah Panjenang Kesehatan Tingkat C ‘Aisyiyah Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Yogyakarta. Pada tahun 1978 Sekolah Panjenang dan Sekolah Bidan melebur menjadi Sekolah Perawat Bidan ‘Aisyiyah (SPB ‘A) Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Yogyakarta. Kemudian Tahun 1980 SPB ‘A berubah menjadi Sekolah Perawat Kesehatan ‘Aisyiyah (SPK ‘A)
Dan pada tahun 1991 SPK ‘A dikonversi menjadi Akademi Keperawatan ‘Aisyiyah Yogyakarta (AKPER ‘Aisyiyah) sesuai dengan SK Menkes RI No HK 00.06.1438 tanggal 6 Juli 1991. Kemudian Tahun 1998 AKPER ‘Aisyiyah dikonversi menjadi Akademi Kebidanan (AKBID) ‘Aisyiyah Yogyakarta sesuai dengan SK Menkes RI No HK 00.06.1.3.02187.
Tahun 2003 AKBID ‘Aisyiyah Yogyakarta ditingkatkan statusnya menjadi SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN ‘AISYIYAH YOGYAKARTA sesuai dengan SK MENDIKNAS RI No 181/D/O/2003 tanggal 14 Oktober 2003 dengan Program Studi S1 Ilmu Keperawatan, Profesi Ners (Keperawatan) dan D3 Kebidanan. Dan akhirnya padaahun 2016, tepatnya pada tanggal 10 Maret 2016, STIKES ‘Aisyiyah Yogyakarta berubah bentuk menjadi Universitas ‘Aisyiyah (UNISA) Yogyakarta melalui Surat Keputusan (SK) Kemenristek Dikti nomor 109/KPT/I/2016.
Bersamaan dengan perubahan bentuk tersebut, terdapat sepuluh program studi baru yang mendapatkan ijin penyelenggaraan pendidikan yaitu: Profesi Fisioterapi, D4 Analis Kesehatan, D3 Teknik Radiodiagnostik dan Radioterapi (TRR), S1 Administrasi Publik, S1 Ilmu Komunikasi, S1 Psikologi, S1 Bioteknologi, S1 Arsitektur, S1 Akuntansi, dan S1 Manajemen.
